Né à Reims, formé à la Sorbonne et au séminaire Saint-Sulpice à Paris, dont la spiritualité le marque profondément, il est ordonné prêtre en 1678. On lui confie dans sa ville natale la fondation d'écoles paroissiales pour enfants pauvres ; il s'aperçoit alors que ce qui manque le plus , ce sont des maîtres de valeur.

Il recrute donc de jeunes maîtres auxquels il propose une forme de vie consacrée à Dieu qui leur laisserait cependant leur caractère laïc ; à leur intention, il rédige une sorte de règle dans cet esprit. Ainsi se forme le noyau du futur institut des Frères des Écoles Chrétiennes, voué à l'instruction et à l'éducation chrétienne des enfants des milieux populaires. Puis il se préoccupe de donner à ses frères une formation à la fois spirituelle et pédagogique ; il crée à Reims un séminaire qui constitue une véritable école normale d'instituteurs, innovation qui n'a pas alors d'équivalent, en dehors de la formation assurée à leurs religieux par les jésuites pour l'enseignement des milieux plus aisés

En 1688, Jean-Baptiste de la Salle étend son activité à Paris où il vient s'installer. En 1694, il est élu supérieur de la nouvelle congrégation et la dote d'une règle plus élaborée, il poursuit son ouvre pédagogique et spirituelle, rédigeant notamment un ensemble d'ouvrages à l'intention des maîtres.

Vers la fin de sa vie, il se démettra de ses fonctions et mourra dans la maison mère qu'il a fixée à Rouen. Après sa mort, son institut continuera à se développer rapidement, en France et dans le monde entier, servant volontiers de référence aux congrégations enseignantes. En 1950, Pie XII a proclamé Jean-Baptiste de la Salle patron spécial des éducateurs.